신라 진흥왕(眞興王) 14년(553) 월성(月城)의 동북쪽에 새로운 궁궐을 짓다가 황룡이 나타났다는 말을 듣고 사찰로 고쳐 짓게 하여 절 이름을 황룡사(皇龍寺)라 하였다고 한다.

574년에 주존불인 금동 삼존불을 만들고, 선덕여왕(善德女王) 14년(645)에 자장(慈藏)의 권유로 백제의 기술자인 아비지(阿非知)를 초청하여 9층 목탑을 완성시켜 4대 93년간에 걸친 공사를 마무리했다. 이후 고려 고종(高宗) 25년(1238)에 몽고의 침입을 받아 불타버린 후, 옛터만 남아 있던 것을 사역내 민가 100여호를 이주시키고 1976년 경주고적발굴조사단에서 8년간 발굴조사를 실시하였다. 그 결과 원래 황룡사 대지는 25,000평에 달하는 늪지를 매립하여 마련되었음을 알게 되었다.

사찰의 건물은 남북으로 일탑식(一塔式) 절 배치를 기본으로 하고, 금당(金堂)의 좌우에 거의 같은 규모의 건물이 나란히 세워져 이 건물 역시 금당의 성격을 지니고 있었음이 밝혀졌다. 출토된 유물은 4만여 점에 달하며 모두 우수한 작품들이다.